برخلاف ادعای خاتمی مبنی بر این که بنیاد باران بنیادی سیاسی نیست، گروهی از افراطیون به عنوان اعضای شورای عالی این بنیاد انتخاب شدند.محمدجواد امام از بازداشتشدگان فتنه 88 اسامی 25 نفر را به عنوان اعضای شورا اعلام کرده که اغلب آنها اعضای مرکزیت احزاب منحلهای نظیر مشارکت و سازمان مجاهدین (انقلاب) هستند. در میان اسامی نام محسن آرمین، جواد امام، جعفر توفیقی، حمیدرضا جلاییپور، مرتضی حاجی، سید صفدر حسینی، هادی خانیکی، احمد خرم، سید حسن رسولی، عبدالله رمضانزاده، علی شکوری راد، محسن صفایی فراهانی، محمدرضا عارف، فاضل میبدی، الهه کولایی، محمد کیانوش راد، سید حسین مرعشی، مصطفی معین و عبدالله ناصری دیده میشود.خاتمی که پیش از این ریاست بنیاد باران را بر عهده داشته، مدعی شده بود این بنیاد ماهیت سیاسی و تلاش برای حضور در قدرت ندارددر این میان محمدرضا عارف چند ماهی است رأسا اقدام به راهاندازی بنیاد امید ایرانیان مستقل از بنیاد باران کرده است.